厚生労働省は2026年9月より、労働基準監督署（労基署）による「45時間超」の時間外労働に対する企業への「一律指導」を取りやめる方針を固めました。
これまで、労基署は労使協定（36協定の特別条項）に基づき、月100時間未満までの時間外労働が法的に認められている企業に対しても、一律で残業を45時間以内に収めるように指導を行ってきました。
しかし、この一律的運用が「法令を遵守して事業を拡大しようとする企業活動の萎縮を招いている」、「現場の実態に即していない」といった声を受け、大きな方針転換が行われることとなりました。
本コラムでは、今回の運用の見直しの概要と背景、そして規制緩和に伴い企業が対応すべき実務ポイントを解説します。

今回の見直しの要点

今回の見直しは、労働基準法の「法律の上限規制」そのものが変わるわけではなく、現場における労基署の「行政指導の運用方法」が変更される点が大きな特徴です。以下が主な要点です。

・労基署による一律指導（指導票交付）の取りやめ
これまで特別条項付き36協定を結び、1ヶ月の時間外労働を100時間未満までに抑えている企業に対しても、月45時間を超えた時点で労基署は一律に「指導票」が交付されていました。2026年9月1日以降、この形式的な一律指導は廃止されます。

・法律の上限規制は変更なし
労働基準法で定められている残業時間の上限（原則月45時間、特別条項付きで年720時間、単月100時間未満など）に変更はありません。違反すれば従来通り罰則の対象となります。

・健康確保措置の徹底が運用の条件へ
労働基準監督署の指導が取りやめとなった後も、長時間労働の常態化や健康被害を防ぐため、企業側はこれまで以上に過重労働対策（健康確保措置）の徹底が求められます。

変更の背景と論点

今回の変更は労働時間を柔軟に活用して成長を目指す企業や労働者の要望に基づき、「日本成長戦略会議」などで議論されていた「現行の労働時間規制が企業の成長や働く意欲のある人の障害になっているのではないか」という問題意識を発端としています。主な論点は以下の通りです。

①「法令遵守企業」への一律規制への過剰感
労働基準法上、36協定の特別条項を正しく締結していれば、月45時間超の時間外労働自体は合法になります。法令遵守をしている企業に対して一律に指導を行うことは過剰ではないかという指摘がありました。

②経済成長と現場の柔軟性の阻害
繁忙期や事業拡大の局面で、残業規制があることで企業が柔軟に対応できず、成長機会の損失につながっているという懸念がありました。

③働く意欲のある労働者への配慮
「もっと働いて稼ぎたい」と考えている労働者に対して、一律に抑制指導が実質的なブレーキとなり、手取り収入の減少を招いているという意見もありました。

④労基署の役割転換
労基署の役割を「数字による一律の取り締まり」から「企業の実態に応じた適切な運用・法令遵守の支援」へシフトすべきという議論がなされました。

法改正（労働基準法そのものの上限引き上げ）には労働団体からの強い反発が予想されたため、まずは法律を変えずに行政指導の運用（指導票の発行基準など）を変えることで現場にとって実務的かつ即効性のある運用へのアプローチが主軸となりました。この提言を厚生労働省が受け入れ、2026年9月の「労基署の一律指導の中止および柔軟な運用への見直し」を行うことが決定しました。

企業への影響と求められる対応

今回の変更に伴い、労基署の監視基準は「残業時間の数字」から「健康確保措置や適切な協定がなされているか」へとシフトしていきます。
法令遵守企業にとっては繁忙期などのやむを得ない残業発生時に過度な行政指導を受けるリスクが減り、柔軟な対応が可能となります。一方で、企業自身が主体となって過重労働対策（面接指導や健康確保措置）を徹底することがより強く求められます。

具体的な労務管理や安全衛生管理としては以下の4点があげられます。

①健康確保措置の徹底
特別条項を発動して時間外労働をさせる場合、36協定に定めた以下健康確保の措置が必須です。
・医師による面接指導（月80時間超の残業時などの実施徹底）
・勤務間インターバル制度の導入・運用
・深夜業の回数制限
・相談窓口の設置、産業医による保健指導強化

②36協定（特別条項）の「協定内容の厳格化」と適切な運用
指導が緩和されるためには36協定および特別条項を適正に締結、届け出していることが前提となります。「臨時的な特別の事情」を具体的に記載し、単なる恒常的な人手不足を理由としない運用にしていく必要があります。また、「年間720時間以内」「単月100時間未満（休日労働含む）」「2〜6ヶ月平均80時間以内」という時間枠の上限および特別条項の適用回数（年6回まで）を厳守しなければなりません。

③客観的な労働時間の把握とリアルタイムなアラート管理
一律指導がないからといって残業を放置してよいわけではありません。タイムカードやPCログ等による客観的な労働時間の把握がさらに重要となります。累積残業時間を本人や上司へ通知するアラートの設定や、隠れサービス残業などの不適切な時間外労働が発生しないように労務監査を強化していくことが大切です。

規制の受容から企業が自ら統治（ガバナンス）する「自律型組織」へ

今回の残業指導の緩和は、「自社の従業員の健康とパフォーマンスを、企業が主体的に統治（ガバナンス）するか」という、本当の自律性が問われる時代の到来を意味しています。
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